Comprende le testimonianze di una quindicina di relitti accertati sui fondali marini delle isole Eolie, alcuni dei quali appena indiziati, altri che sono stati fatti oggetto di recuperi più o meno vasti e sistematici, nonché i materiali più disparati raccolti sui fondali di porti o scali marittimi frequentati dalle navi in tutte le età dalla preistoria all’età moderna. La maggior parte dei relitti si accentua intorno a punti particolarmente insidiosi per la navigazione, come le Formiche di Panarèa (tre) e soprattutto il capo Graziano di Filicudi (almeno 9). Si segnalano in particolare: relitto preistorico del Pignataro di Fuori (baia di Lìpari); una settantina di vasi di impasto (in maggioranza attingitoi, ma anche orci, scodelle, ecc.) che formavano il carico di una nave, probabilmente rovesciatosi, attribuibile agli inizi dell’età del Bronzo (circa 2000 a.C.); anforetta micenea (sec. XV a.C.) dal capo Graziano di Filicudi; due gruppi di anfore di tipo greco-italico della fine del sec. IV a.C. dal relitto B di Filicudi e dal relitto Roghi delle Formiche di Panarèa. Complesso di anfore di tipo greco-italico evoluto, ceramiche a vernice nera e acrome, colonnina di louterion in terracotta dal relitto F di Filicudi (prima metà del sec. III a.C.; scavi del Centro sperimentale di archeologica marina di Albenga). Complesso di anfore di tipo greco-italico evoluto e di ceramiche a vernice nera di probabile produzione campana degli inizi del III sec. a.C. dalla secca di Capistello di Lìpari. Grande complesso di anfore di tipo italico (Dressel IA), di ceramiche a vernice nera del tipo "Campana B" e acrome, ceppi d’ancora, macina rotante, ecc. dal relitto A (Roghi) di Filicudi, datato da monete fra 196 e 173 a.C.; complesso di anfore di tipi diversi (Dressel 2/4 e Pompei 36) del relitto Alberti delle Formiche di Panarèa (sec. I d.C.); gruppo di anfore del tipo Lamboglia 2 dal relitto G di Filicudi; anfore di età tardoimperiale (IV-VI sec. d.C.) dal relitto Porto A di Filicudi.
Cannoni in bronzo di una nave da guerra probabilmente spagnola del XVII-XVIII secolo da Filicudi.
In un edificio risalente, nelle parti più antiche, al sec. XV, di fronte al padiglione della preistoria liparese e adiacente a quello della preistoria delle isole minori, è stata recentemente allestita la Sezione vulcanologica, con lo scopo di illustrare la formazione e la storia geologica dell’arcipelago eoliano, e le risorse e i condizionamenti che la natura geologica delle isole ha offerto alle civiltà umane che in esse si sono svolte. Consta di tre sezioni occupanti ciascuna un piano dell’edificio.